1965年6月26日，时任卫生部部长钱信忠向毛泽东汇报工作，讲到全国医务人员分布情况时说：
『全国现有140多万名卫生技术人员，其中70%在大城市，20%在县城，只有10%在农村，医疗经费农村只占25%，城市则占去了75%』。
『享受公费医疗的830万人员（主要是各级领导干部）的经费比用于5亿多农民的还要多』。
毛泽东听后，当即严厉地说：
『卫生部的工作只给全国人口的15%工作，而且这15%中主要是老爷，广大农民得不到医疗，一无医，二无药。卫生部不是人民的卫生部，改成城市卫生部，或老爷卫生部，或城市老爷卫生部好了！』
就在这一天，毛泽东针对这一问题，作出了两条指示：
其一， “应该把医疗卫生工作的重点放到农村去!”
其二，“培养一大批‘农村也养得起’的医生，由他们来为农民看病服务。”
这就是著名的『6·26指示』，随后的一个月内，毛泽东再次召集钱信忠等人，谈了自己关于在农村培训不脱产的卫生员的总体构想。基于对中国农民的深切关怀和对中国农村医疗卫生状况的现实掌握，他明确提出：
『现在那套检查治疗方法根本不适合农村，……中国有五亿多农民。』
『医学教育要改革，根本用不着读那么多书......高小毕业生学三年就够了，主要在实践中学习提高，这样的医生放到农村去，就算本事不大，总比骗人的医生与巫医要好，而且农村也养得起。』
这些话放在现在，可能会被喷『不尊重科学』、『异想天开』、『治死人不偿命』，但在那个时代，农村医疗卫生水平极端落后，正规医生数量远远不足，让广大农民先看得上病、看得起病，才是更紧迫的事情。
根据毛泽东的指示，医疗卫生系统开始重视农村医疗问题：
一是安排城市和解放军医疗专家下乡巡诊、为农村医务人员进行培训。到1965年上半年，全国城市共组织了2800位专家下乡；
二是在全国各县普遍建立人民医院基础上，有条件的公社建立卫生院，同时挑选有文化基础的青年进行医学培训。
这些青年人，经过几个月的短期培训，掌握基本的医疗卫生知识后，背起药箱就深入田间地头，为农民看病抓药、造福乡里。
1968年，有关部门针对『6·26指示』落实情况进行调研，把上海郊区农民对这部分医护人员的爱称『赤脚医生』写进了调研报告《从“赤脚医生”的成长看医学教育革命的方向》，先后在《文汇报》、《红旗》和《人民日报》刊发。
9月14日，毛泽东看到这篇文章后，专门作出批示：
『赤脚医生就是好』。
从此，赤脚医生的称谓，正式确立下来。全国各地培养『赤脚医生』的热潮迅速开展起来。
1969年10月1日，中央在天安门广场举行建国二十周年庆典，赤脚医生方队第一次登台亮相。这个方队由近千名肩背药箱、背负斗笠、挽着裤腿、打着赤脚的年轻农村姑娘组成。她们高呼着“为人民服务”的口号，整齐地从城楼下的长安街走过。队列的前边是一个特制的轮车，上面载着 “把医疗卫生工作的重点放到农村去”十五个大字。看到这里，毛泽东从城楼探出身子，频频向她们挥手致意……
在毛泽东的亲自关心和督促下，到1975年底，全国城市和解放军医务人员先后有110多万人次下农村巡回医疗，有十几万城市医务人员在农村安家落户；培养赤脚医生 156万人，生产队的卫生员 328万人、接生员 62万人。全国医疗卫生机构病床分布的农村比重由 40%提高到60%，全国卫生经费用于农村的比重由27%提高到65%以上。
『赤脚医生』 积极配合生产队大力宣传讲究卫生、移风易俗，发动群众自己起来同自己的不卫生的习惯作斗争，开展以除害灭病为中心的爱国卫生运动，推广了 『两管五改』的做法 (『两管』指管理粪便垃圾和饮用水源 ; 『五改』指改良厕所、畜圈、水井、环境和炉灶 ) 大大改变了农村卫生面貌。
1970年，由上海中医学院、浙江中医学院等集体编著 的《“赤脚医生”手册》出版发行，在接下来的十几年时间里，这本书成为全国仅次于『毛主席语录』的超级畅销书，城乡医护人员基本人手一册。联合国教科文组织还将这本书译为50多种文字，在不发达国家广泛推广。
基于这些艰辛的努力和探索，中国农村的医疗卫生体系在极为艰难的条件下建立起来了，农村医疗卫生状况有了翻天覆地的变化，所有烈性传染病基本都被消灭或有效控制，中国的人均寿命也从1949年的35岁，提高到1976年的68岁。
中国的『赤脚医生』医疗卫生探索，受到了世界卫生组织和发展中国家的高度重视。
联合国妇女儿童基金会在1980-1981年年报中指出：
中国的 “赤脚医生” 制度在落后的农村地区提供了初级护理，为不发达国家提高医疗卫生水平提供了样板。
在国际社会看来，一个百废待兴、经济十分落后的国度里，大范围、低投入、短期限、高效率地培训数以百万计的农村卫生队伍，基本上解决了我国广大农民的医疗保障问题，在世界医疗史上可谓是一个创举，被誉为成功的“第一次卫生革命”。
上世纪80年代初，随着家庭 联产承包责任制的推广，农业经营单位缩小到了家庭的规模，工分计酬方式不复存在，赤脚医生也难以生存了。1985年初，卫生部作出停止使用赤脚医生这一称呼的决定，原来的赤脚医生要进行考核，合格的将被认定为乡村医生，取得从医资格后可以继续行医。1985年1月25日，《人民日报》发表《不再使用“赤脚医生”名称，巩固发展乡村医生队伍》一文。至此，“赤脚医生” 也就成了历史名词。
